「祭溪神榕」為臺灣民間「辟邪物」之一環。「辟邪物」指的是驅邪除穢的祭煞之物，從廟宅中樑八卦到門楣獸牌，再到廟宅之外的石敢當、五營等等，皆可算數，種類既龐且雜，範圍既廣且大，是臺灣民間信仰中相當精彩而生活化的一部分。歷來研究者多有所解釋，何培夫《臺灣民俗辟邪物特展圖錄》是諸多相關著作中，對「辟邪」的意義，有較精闢的闡述者：

「辟邪」一詞乃指「辟除邪惡」，具有積極與主動的態度。因為「驅邪除惡」與「祈安求福」乃是一體的二面，亦即「邪去而福至」、「福臨而邪除」，如此比較符合民俗信仰「逢凶化吉」與「迎祥納福」的正面意圖。

臺灣人在其生活空間，之所以安設辟邪物，不論何種形式，皆有其必然需要，大抵可分「主動祈福」與「被動祭（制）煞」兩種。前者用來祈安賜福、招財進寶，非因外在力量影響而安設者，如廟宅中樑的太極八卦、河圖洛書，廟宅門口的門神、八仙綵，庄頭四隅的五營等等；後者原因就較為複雜，往往為剋制某種人為或自然現象的壓力而安設，如為防風止沙而安設的石敢當、風獅爺，為祭山川溪河而安設的寶塔、榕樹，為祭（制）路箭屋角而安設的劍獅、山海鎮等等。

榕樹是臺灣人最愛的植栽之一，除取得方便、容易存活、生長快速和遮蔭效果奇佳的優點之外，最重要的是，榕樹具有辟邪作用，廣泛的被用於各種祭儀之中，濱海地區更用來做為祭溪制水和護庄祐民的主要對象，有的祭大排，有的祭大溪；在曾文溪南北兩岸，即有許多村庄皆有此俗，並留下不少祭溪神榕，成為現今綠色景觀，媽祖宮庄亦為其中之一。

曾文溪兩岸的庄頭，遇有水患或有沖煞之事時，為求安身立命，都各施以不同的祭溪制水方法，其中要以栽種榕樹最為多見。日明治37年（1904）曾文溪改道由三股溪入海，造成曾文溪南北兩岸的村庄「走大水」，許多村庄都泡在大水之中，媽祖宮庄亦深受其害；為此，鹿耳門媽祖神示於庄東栽種2株榕樹祭溪制水，詳細位置為「顯宮一街33號」林雙龍（1933年生）宅前及其南側，此後，媽祖宮庄便未再遭受水患，後人也認為神榕發揮「定水」功效，才叫曾文溪不再潰堤。事實上，曾文溪河道之所以固定下來，乃因日治政府於日昭和10年（1935）前後完成堤防之故，曾文溪築堤之後，兩岸庄頭水患漸少，拓墾漸寬。不過，也因為榕樹是神榕，才能讓「祂」自由生長，成為現今庄內一景，除了見證媽祖宮庄一頁開庄發展史外，也為後人留下盎然綠意與美麗的生態景觀。

這2株祭溪制水神榕，南北並列，南株因病蟲害於1980年前後枯死，北株則生長茂盛，枝葉開展優美，儼若林家一景，其下砌有花臺，2002年鹿耳門天后宮更於樹旁豎立解說牌以為紀念，全文為：

【百年神榕：林雙龍家門前的這株神榕，係曾文溪決堤沖毀古廟後，媽祖宮遷村現址，為預防曾文溪再次決堤，民國（前）七年（1904年）左右，媽祖乃指示種植榕樹二株以制水，此乃其中之一株。此榕樹至今已近百歲，枝繁葉茂，生意盎然，不愧神榕之稱呼，成為媽祖宮遷村之歷史見證。】