媽祖宮庄（媽祖宮仔）之地名，來自清康熙58年（1719）各官捐俸同建的鹿耳門天后宮，當時北線（汕）尾沙汕北端的鹿耳門，早自荷治以來就有民人搭建草寮居住，並且逐漸繁衍成庄，初名為「鹿耳門小村」，清代以後因鹿耳門係兩岸對渡唯一正口，曾經商旅如織、熱鬧繁華，只是當時各時期輿圖卻僅見媽祖宮、鹿耳門（砲臺、汛塘）、文武館等地名，而未有民間聚落的名稱。但隨著清道光3年（1823）7月臺江內海浮覆以後，鹿耳門港逐漸成為廢口，官府撤除文武防汛，人口外移、商旅不再，聚落也隨之歸於平淡，乃以大廟為名，成為「媽祖宮庄」。清同治10年（1871）曾文溪大水，沖毀大廟及聚落，居民乃自「舊廟地窟」，遷徙至現址重新結庄，仍以媽祖宮庄（媽祖宮仔）為名，之後關於聚落的相關情況也更為清晰。

一、清同光年間
雖然，媽祖宮庄聚落早在清同治10年（1871）以前就已經存在，不過在大水沖毀媽祖廟後，可能引發人口外移的現象，其餘居民則遷徙至今址重新結庄，但在移民激烈爭墾臺江浮覆地的情況下，因此有更多移民陸續入墾開發，所以媽祖宮庄的社會發展，也與其他臺江浮覆地同屬於2次移民社會。

清道光以後入墾臺江內海浮覆地的移民，大多來自臺江北岸的鹽分地帶，如學甲、北門、將軍、佳里、西港、七股等北門地區，以及更北的嘉義沿海一帶，這一來是由於這些地方的移民有地緣的關係，移民要進入新浮覆地開發較為方便，且亦能得到原鄉更多的支持；再且，北門及嘉義沿海地區，原來多屬濱海的海埔地，當地居民擅於開發利用海埔地，因此也更有條件來開發這一片新生的浮埔。此外，鄰近的府城富商仕紳（如黃本淵）及官府八房胥吏（如道永昌），以「墾戶」身分投入臺江浮覆地的開發，進而成為大租戶，或自招移民入墾浮覆地，或向已在此拓墾的民人收取大租租金。

目前媽祖宮庄的居民以林姓最多，為庄內第一大姓，但有5支不同來源：第1支是來自嘉義縣義竹鄉下灣仔牛稠底，自林紅以降，有林出、林進、林和尚、林賞、林老鐵、林文漲、林錫昌等；第2支來自臺南縣北門鄉北端的渡仔頭，這一支林姓是鹿耳門天后宮廟務的主掌者，自林硯以降，歷林洋、林天宋、林仙養，均主持過廟務，一脈相傳，他們有自己家族崇信的神明－吳府三千歲，每年農曆9月15日王爺聖誕，家族亦聚會聯誼，以上這兩支為媽祖宮庄最主要的兩大家族；第3支是來自將軍苓仔寮，自林本以降，有林在我、林德、林廳、林昌夫等；第4支來自將軍漚汪；第5支來自學甲中洲。而除了林姓之外，有來自嘉義縣布袋鎮新塭的蘇姓，來自於嘉義縣義竹鄉下灣仔的蔡姓。依據《日治時期戶籍登記簿戶長清冊》所載，媽祖宮庄聚落內有超過69%的家戶為林姓，聚落形態屬於單姓村，不過林姓來源不一，且由於聚落內部多有同族聚居的現象，對內團結宗族、對外則參與聚落的公共事務，所以仍然呈現主姓村或雜姓村的形態。

二、日治時期
日明治31年（1898）6月，兒玉源太郎接任臺灣總督，臺灣總督府在全臺陸續展開土地、人口、慣習等各種調查事業，欲藉此查明人口分佈、耕地面積及土地利用情形，以掌握臺地現況，利於後續的統治與管理。同時，也留下了更多明確的數據資料，讓我們能藉此了解臺灣各聚落內部的發展情形。而依據日明治34年（1901）《臺南地方事項要覽》所載，當時媽祖宮庄僅有33戶、187人，聚落人口依然不多，無論聚落戶數及人口數都遠低於東側的本淵寮（201戶、1111人）、十二佃（122戶、653人）等庄頭，然而出現此一聚落人口懸殊的落差，除與聚落形成的先後有關外，這些大聚落也多位在主要的交通要道，或者是在土地開發較為穩定、農業經營較為發達的地區。

不過至日治中後期，由於臺江浮覆土地多已開墾殆盡，唯有邊際近河海之地，尚有新生浮埔，可以吸引新來民入墾。根據日大正3年（1914）的林野調查，本區新墾或新登錄的土地，主要位於「媽祖宮庄」、溪心寮庄、公親寮庄、土城仔庄、學甲寮庄等地。然而邊際土地，大多屬於耕地狹小，且自然環境不穩定的地方，因此當時新開發的新墾地，多數為旱田，沿海地區則以開發魚塭為主。而當時部分臺江浮覆地的聚落，也出現移民再遷移的情況，由於海埔地的土壤鹽分過高、缺乏灌溉水源，土地贍養力不足，因此在現有耕地日趨飽和下，為求生存發展，因此家族成員不得不再次向外移居，移居地點也多在邊際土地，包含媽祖宮、四草等濱海地區，其中媽祖宮庄的黃姓就來自於學甲寮、尤姓則來自於外塭仔，這些都是臺江移民聚落再次遷徙的例子。

此外，由於日人引進新式產業，在媽祖宮庄一帶開闢鹽田，先後建立了臺灣製鹽株式會社安順鹽場、日本紡織株式會社附屬鍾淵曹達鹼廠鹽灘，由於媽祖宮庄附近原來並無鹽業生產活動，所以分別自北門及嘉義布袋等地招募大量鹽民，會社也興築了百餘戶簡易房舍，以提供鹽民居住，遂吸引了為數眾多的曬鹽工人遷入，為聚落帶來一波新的移民熱潮，當時兩鹽場所在，也出現了南寮、北寮、三棟仔、鹽夫舍等小型聚落。

而由於日明治36年（1903）日政府已經將媽祖宮庄及周圍四草、本淵寮等小聚落，合併成為一個新的「媽祖宮」，做為編成行政、警備，以及各種社會教化機關管轄的基本單位，因此我們僅能了解當時「媽祖宮」大字的人口成長情形。當時「媽祖宮」大字一直維持著穩定的高人口成長率，且成長幅度略高於臺江浮覆區的平均指數，整體人口總數也由日明治38 年（1905）的2472人增至日昭和14年（1939）的6185人，人口總數在35年間呈2.5倍的增長，此應與日治時期在醫療及衛生環境改善後，臺灣在出生率不斷增加及死亡率明顯下降的趨勢有關。日治末期媽祖宮庄聚落各姓氏比例，其中林姓雖仍為聚落最大姓，不過姓氏比例已由69%降至44%，也使聚落形態由單姓村變為主姓村，此推測應為外來移民大量增加後所造成的結果；又蔡姓人家則由姓氏比例的9%提升至12%，成為聚落第2大姓，現在聚落內的蔡姓人家，幾乎都有親戚關係，推測應為原鄉同姓移民依親投靠的發展；至於原來居於第2位姓氏比例的蘇姓，則僅存6%的戶數，而黃姓人家則由原來不列名，提升至姓氏比例的6%，同列為媽祖宮庄聚落內的第3大姓。

三、戰後發展
戰後臺南市安南區聚落的人口變遷，主要受到經濟活動與交通條件所影響。由於媽祖宮庄聚落濱海之地緣關係，居民大部分從事耕作、捕魚、曬鹽維生，餘者散佈各階層行業，聚落的主要經濟活動，以第1級產業為主，第2、第3級產業則較不發達；同時聚落又遠離主要交通路線，多數的商品採購，必須前往鄰近的本淵寮、土城仔，甚至得前往臺南市才能取得，因此相較於鄰近的其他聚落，媽祖宮一直屬於人口成長較緩慢的地方。

而依據戰後媽祖宮庄聚落之人口統計，可以發現聚落在1946年時總人口有1013人，但發展至1966年時，達到聚落人口最高峰的2917人，20年間增加了接近3倍的人口。此波人口的大量增加，主要與戰後鹼業一片欣欣向榮有關，由於臺灣鹼業公司獲利甚豐，為了配合增產需要，除在臺鹼公司安順廠積極整修荒廢鹽灘外，更不斷增資擴大開發，因此也吸引了大量外來勞工移入。不過，當臺鹼公司鹽灘併入安順鹽場之後，臺鹽公司為了精簡人事而裁汰了部分鹽工；再加上轉型為五氯酚鈉工廠的安順廠區，也因製造產品的過程中，會產生具有毒性的戴奧辛，被迫在1979年停工關廠，造成人口外流嚴重。

另在外來影響方面，由於1960、70年代以後，臺灣經濟起飛、工商業發展迅速，然媽祖宮庄聚落卻未受明顯帶動，結果青壯居民紛紛遷出就業，人口成長率迅速下滑。雖村落內的人口年齡結構老化，但還是維持傳統的農漁活動，村落發展遲緩，至1996年的媽祖宮庄聚落更僅存2192人。不過近年來，隨著臺南科技工業區的設立，也讓鄰近的媽祖宮庄聚落重現生機，使得人口數據出現微幅的成長，在2006年時媽祖宮庄聚落共有2478人。