「媽祖船」是媽祖的專屬交通工具，是媽祖往來人間與天庭間之法船，建造於民國七十三年七七四十九天「羅天大醮」時，迄今已出澳揚帆三次，第一次乃羅天大醮時循鹿耳門溪於溪口超渡亡魂與陣亡將士；民國八十年，本宮舉辦「迎媽祖船尋根盛典」，於鹿耳門溪口海灘平台設壇"遙祭湄洲祖廟"，乃媽祖船二度出航。本（85）年參加「府城百百旗民藝華會遊藝踩街」，媽祖船以平安繩拉牽之方式陸上行舟。三百多年來，鹿耳門媽祖鎮駕媽祖船上，首度出巡府城，史無前例，「媽祖船」成萬眾矚目焦點，此乃第三次之出澳。
「媽祖船」與一般王船外表近似，但設置略有不同：一般王船上前設「王爺廳」後設「媽祖廳」(專為船上奉祀媽祖用)，但「媽祖船」上不設「王爺廳」專設「聖母廳」和「梳粧亭」（亭內備胭脂、水粉等梳妝用品）此為其特點之一；特點之二：船上所配置之水手均為木雕，非一般之紙糊水手；三、船身為木質建造，全長三丈，淨重三公噸，是一艘三桅帆船，只要申請出海證件後，亦可航行於海上；四、媽祖船可永久保存，不若王船每次醮祭完畢則火化，就自然資源而言，有其獨到之見地。